Zavarás - A fészkelőhelyek háborgatása a növekvő turizmus miatt egyre gyakoribb. A zavarás legtöbbször nem szándékos, de az ismert, tradicionális helyeket madármegfigyelés céljából is felkeresik. Ez is elegendő lehet ahhoz, hogy a sólyom magára hagyja a tojásokat, illetve a fiókákat. Ha a zavarás hosszabb ideig tart és a madár nem mer visszatérni a fészekhez, akkor ez a fészekalj pusztulásával járhat – kihűlnek / túlmelegednek / eláznak a tojások, hőgutát kapnak / megfáznak a frissen kikelt fiókák. Legtöbbször az óvatlan kirándulók, illetve az erdészeti munkák zavarják meg a költést.

Rossz minőségű fészkelőhelyek - A vándorsólyom a sólyomfélékhez tartozó többi fajhoz hasonlóan nem épít fészket. Rendszerint természetes vagy mesterséges sziklaüregekben, emberi építmények zugaiban rakja le tojásait. A rosszul megválasztott költőüregekben gyakori a tojások vagy a fiókák pusztulása, de előfordul az bányászati tevékenység miatt, időjárásra visszavazethető okok (például csapadékvíz lefolyása az üregbe stb.) miatt is.

Áramütés - Ma a ragadozó madarakat fenyegető egyik legnagyobb veszélyforrás a középfeszültségű hálózatok oszlopain elszenvedett végzetes áramütés, amely a vándorsólymot is fenyegeti. Az áramszolgáltatók, a Nemzeti Parkok és a Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesület a legveszélyesebb oszlopok femérésével és szigetelésével próbálják kiküszöbölni az elhullásokat.

Vegyi anyagok - A vándorsólyom az 1960-as években egy növényvédőszer, a diklór-difenil-triklór-etán – vagy közismertebb nevén a DDT – miatt pusztult ki hazánkból (és az északi félteke sok részéről). A DDT a táplálékláncon keresztül bejutott a sólymokba, és felhalmozódott szervezetükben, ahol a hormonháztartásra fejtette ki hatását. Ennek eredményeképpen megváltozott a sólymok viselkedése, elmaradt a párzás, illetve sikeres párzás esetén, a képződő tojásokba nem épült be a kalcium – az így lágyhéjúvá vált tojások pedig összetörtek a kotló madár alatt. A DDT 1968-ban betiltották hazánkban, majd később a világ más részein is. A vándorsólyom állományai lassan helyreállnak, azonban a veszély nem múlt el.

Fészkek kifosztása - Korábban a költések sikerét a fészekaljak solymászati célra történő kifosztása jelentősen veszélyeztette. A természetvédelmi jogszabályok és érdekérvényesítés szigorodása, valamint a fogságban tartott madarak eredményes tenyésztése miatt ma már ez nem jellemző.

Lelövések - Egyes vadászok ragadozó madarakkal szembeni hagyományos ellenérzései miatt ritkán, de még ma is előfordulnak illegális lelövések. Ez ellen a vadászati és természetvédelmi szervezetek közösen küzdenek.

A vándorsólyom magyarországon fokozottan védett, emellett a Washingtoni-egyezmény (CITES) által is védett. Emiatt exportja és importja is engedélyköteles. Mivel a solymászok legkedveltebb vadászmadara, a bemutatókon, vadászatokon való részvétel során be kell tartani az előírásokat.